Značilnosti, strukture in funkcije beljakovin SSB

The SSB proteini O DNK vezavni proteini Simple Band (iz angleščine "sdimlja-sTrand DNK bInding beljakovine "), So beljakovine, odgovorne za stabilizacijo, zaščito in začasno vzdrževanje.

Genetske informacije o organizmu so zaščitene in kodirane v DNK z dvojnim pasom. Tako da je to mogoče prevesti in ponoviti, je potrebno, da se sprosti in brezposelnost in v tem procesu, kjer sodelujejo proteini SSB.

32 KDA fragment (RPA32) podenote beljakovin za razmnoževanje (vir: Jawahar Swaminathan in MSD osebje na Evropskem inštitutu za bioinformatiko [Public Domain] prek Wikimedia Commons prek Wikimedije)

Te beljakovine so kuhane z drugimi različnimi monomeri, ki sodelujejo pri stabilizaciji njihove DNK in jih najdemo tako v prokariotih kot v evkariotih.

SSB proteini Escherichia coli (ECSSB), so bili prvi beljakovine, opisane v tej vrsti. Za njih so značilni funkcionalno in strukturno, in od njihovega odkritja so bili uporabljeni kot študijski model za tovrstno beljakovino.

Evkariontski organizmi imajo beljakovine, podobne SSB beljakovine bakterij, v evkariotih Podvajanje beljakovin A) da so funkcionalno podobni SSB.

Za preučevanje interakcij med beljakovinami SSB in preprostim verižnim DNK so bili uporabljeni računski biokemično funkcionalni modeli, da bi razjasnili njegovo funkcijo v bistvenih procesih genoma različnih organizmov.

[TOC]

Značilnosti

Ta vrsta beljakovin najdemo v vseh kraljestvih življenja in čeprav imajo enake funkcionalne lastnosti, so strukturno drugačne, zlasti glede na njihove konformacijske spremembe, ki se zdijo specifični za vsako vrsto beljakovin SSB.

Vam lahko služi: ABO sistem: nezdružljivost, dedovanje in dokaz

Opaženo je, da imajo vsi ti proteini ohranjeno domeno, ki je vključena v zvezo z preprostim pasovnim DNK in ki je znana kot domena oligonukleotid/ oligosaharidi (v bibliografiji je kot domena OB).

SSB proteini termofilnih bakterij, kot so Thermus aquaticus Imajo izjemne značilnosti, saj imajo v vsaki podenoti dve domeni, medtem ko ima večina bakterij le eno od teh v vsaki podenoti.

Večina beljakovin SSB ni vezana na preprosto DNK pasu. Vendar je zveza vsakega SSB odvisna od njegove strukture, stopnje zadruge, stopnje oligomerizacije in različnih okoljskih razmer.

Koncentracija dvovalentnih magnezijevih ionov, koncentracija soli, pH, temperatura, prisotnost poliaminov, spermidina in sperme so nekateri preučeni okoljski pogoji In vitro ki najbolj vplivajo na aktivnost beljakovin SSB.

Struktura

Bakterije imajo homo-tetramerne beljakovine SSB in vsaka podenota ima eno samo obvladovanje OB Unije. Nasprotno, virusni SSB proteini, zlasti pri mnogih bakteriofagih, so na splošno mono- ali dimetrični.

Na svojem N-terminalnem koncu imajo SSB proteini domeno stika DNK, njihov C-terminalni konec.

Trije ostanki triptofana v položajih 40, 54 in 88 so ostanki, ki so odgovorni za interakcijo z DNK v domenah Unije. Ti posredujejo ne le stabilizacijo interakcije DNK-beljakovin, temveč tudi zaposlovanje drugih beljakovinskih podenot.

SSB protein od In. coli Modelirano je v računskih študijah in ugotovljeno je, da ima tetramerično strukturo 74 kDa in da se pridruži preprosti pasovni DNK zahvaljujoč sodelovalni interakciji različnih podenot tipa SSB.

Vam lahko služi: rdeča fenola: značilnosti, priprave, aplikacije

Archaeas imajo tudi beljakovine SSB. Ti so monomerni in imajo samo eno obvladovanje DNK ali domene OB.

V evkariotih so RPA proteini strukturno gledano bolj zapleteni: sestavljeni so iz heterotromera (treh različnih podenot), znanih kot RPA70, RPA32 in RPA14.

Imajo vsaj šest domen oligonukleotidov/oligosaharidov, čeprav so danes le štiri od teh mest natančno znani: tri v podenoti RPA70 in sobo, ki prebiva v podenoti RPA32.

Funkcije

Proteini SSB imajo ključne funkcije pri vzdrževanju, embalaži in organizaciji genoma z zaščito in stabilizacijo preprostih verižnih DNK pramenov v času, ko jih izpostavljajo z delovanjem drugih encimov.

Pomembno je upoštevati, da ti beljakovine niso beljakovine, ki so odgovorni za odvijanje in odpiranje pramenov DNK. Njegova funkcija je omejena le na stabilizacijo DNK, ko je v stanju preproste pasovne DNK.

Ti beljakovini SSB delujejo sodelovati, saj zveza enega od njih olajša zvezo drugih beljakovin (SSB ali ne). V presnovnih procesih DNK se ti proteini štejejo za nekakšne pionirske ali primarne beljakovine.

Zveza teh beljakovin do DNK ima kot svojo primarno funkcijo, poleg stabilizacije preprostih verižnih pasov DNK.

Proteini tipa SSB aktivno sodelujejo pri skoraj vseh živih organizmih DNK procesih. Takšni beljakovine napredujejo, ko vilice za razmnoževanje napredujejo, in obe starševski verigi DNK ločijo.

Vam lahko služi: lipaza trebušne slinavke: struktura, funkcije, normalne vrednosti

Primeri

V bakterijah proteini SSB spodbujajo in stabilizirajo beljakovinske funkcije. Ta protein je odgovoren za popravilo DNK (reakcija SOS) in postopek rekombinacije med preprostimi komplementarnimi molekuli pasove.

Mutanti In. coli Genetsko manipulirano za pridobivanje okvarjenih beljakovin SSB se hitro zavirajo in ne učinkovito ne izpolnjujejo svojih funkcij pri podvajanju, popravilu in rekombinaciji DNK.

Proteini tipa RPA nadzorujejo napredovanje celičnega cikla v evkariontskih celicah. Konkretno velja, da lahko koncentracija celic RPA4 posredno vpliva na prehod podvajanja DNK, torej v visokih koncentracijah RPA4 ta proces zavira.

Domneva se, da lahko izražanje RPA4 prepreči celično proliferacijo z zaviranjem razmnoževanja in igranjem vloge pri vzdrževanju in označevanju sposobnosti zdravih celic v živalskih organizmih.

Reference

1. Anthony, e., & Lohman, t. M. (2019, februar). Dinamika e. Coli kompleksi vezave z enojnim nizom DNA (SSB) DNA-DNA. V Seminarji v celični in razvojni biologiji (Vol. 86, str. 102-111). Akademski tisk.
2. Beernink, h. T., & Morrical, s. W. (1999). RMPS: proteini mediatorja za rekombinacijo/replikacijo. Trendi v biokemijskih znanostih, 24. 24(10), 385–389.
3. Bianco, str. R. (2017). Zgodba o SSB. Napredek v biofiziki in molekularni biologiji, 127, 111-118.
4. Byrne, b. M., & Oakley, g. G. (2018, november). Replikacija beljakovin A, odvajalo, ki ohranja redno DNK: pomen fosforilacije RPA pri ohranjanju stabilnosti genoma. V Seminarji v celični in razvojni biologiji. Akademski tisk
5. Krebs, j. In., Goldstein, e. S., & Kilpatrick, s. T. (2017). Lewinovi geni xii. Jones & Bartlett Learning.
6. Lecointe, f., Serena, c., Velten, m., Stroški, a., McGovern, s., Meile, j. C.,… & Pollard, P. (2007). Predvidevanje kromosomske replikacijske vilice Aresta: SSB cilji popravijo helikaze DNK za aktivne vilice. Časopis EMBO, 26(19), 4239-4251.